為了減少細菌穿透蛋殼，種蛋產(chǎn)出后應馬上進(jìn)行第一次消毒，所以要勤收種蛋，收集后馬上消毒；需要運輸的種蛋要在運輸車(chē)內進(jìn)行第二次消毒；入孵后可在入孵器內進(jìn)行第三次消毒；種蛋移盤(pán)后在出雛器內進(jìn)行第四次消毒。
種蛋的消毒方法很多，在生產(chǎn)中常用又方便操作有：
（1）甲醛熏蒸：用40％的甲醛溶液和高錳酸鉀按比例混合產(chǎn)生氣體可迅速有效的殺死病原體。第一次、第二次按每立方米用42ml甲醛加2lg高錳酸鉀熏蒸20分鐘，可殺死95％～98％的病原體；第三次在入孵器內按每立方米用28ml甲醛溶液、14g高錳酸鉀消毒；第四次按每立方米用14ml甲醛溶液、7g高錳酸鉀的濃度進(jìn)行雛雞熏蒸消毒。
（2）過(guò)氧乙酸熏蒸：按每立方米用過(guò)氧乙酸溶液50ml、高錳酸鉀5g熏蒸15分鐘，可快速有效殺死大部分病原體。當然大型種雞場(chǎng)還可用洗蛋消毒液，進(jìn)行消毒。
種蛋消毒完后馬上放入干凈的蛋庫保存，防止再次被細菌污染。